Fold2Seq
Keine Schätzung
Keine Hardwareanforderungen für dieses Modell
Die Gewichte für dieses Modell wurden nicht veröffentlicht, daher kann es nicht heruntergeladen oder auf Ihrer eigenen Hardware in beliebiger Größe betrieben werden. Es ist nur über seinen Anbieter erreichbar, und keine Grafikkarte ändert das..
Aufgezeichnet
Volle Spezifikation
Alles, was in unserer Datenbank für dieses Modell aufgezeichnet ist. Der Großteil beschreibt, wie es trainiert wurde, anstatt wie es läuft — nützlicher Kontext zur Beurteilung, wie viel Arbeit darin steckt und wie es sich mit Modellen vergleicht, die in einem anderen Maßstab erstellt wurden..
Ursprung
Wer hat dieses Modell gebaut, wo und wann es veröffentlicht wurde.
- Organisation
- IBM,Texas A&M
- Organisationsart
- Industry,Academia
- Land
- United States of America
- Veröffentlicht
- 24 June 2021
- Autoren
- Yue Cao, Payel Das, Vijil Chenthamarakshan, Pin-Yu Chen, Igor Melnyk, Yang Shen
Was es tut
Die Problemfelder, für die das Modell entwickelt wurde. Ein Modell kann mehrere davon tragen.
- Domain
- Biology
- Aufgabe
- Proteins, Protein generation, Protein inverse folding, Protein fold classification
Größe
Wie groß das Modell ist und wie viele Daten damit trainiert wurden. Parameter sind die Zahl, die entscheidet, ob es auf einer bestimmten GPU-Karte passt.
- Parameter
- 12.4M
- Trainingsdaten
- 45,995 tokens
- Epochen
- 200
- Batch-Größe
- 128
Three components, a sequence encoder, fold encoder, and sequence decoder. (1) and (3) have similar architectures, a sequence embedder + transformer block (the encoder uses a transformer encoder, the decoder uses a decoder block). The fold encoder adds 6 residual conv blocks and has a 3d positional encoder rather than sequence embedder. Each residual block has two 3D-convolutional layers (3×3×3) and batch normalization layers. Each transformer block has 4 layers and d = 256 latent dimensions. …
"Training set includes 45995 proteins belonging to a total of 971 folds"
Training-Compute
Die Berechnung, die durchgeführt wird, um das Modell zu trainieren, gemessen in Gleitpunktoperationen. Es ist ein Maß dafür, was der Trainingslauf gekostet hat, nicht dafür, wie schnell das fertige Modell Ihnen antwortet.
- Training-Compute
- 1.4 × 10¹⁷ FLOP
- Wie es etabliert wurde
- Operation counting
"We train our model on 2 Tesla K80 GPUs, with batch size 128. In every training stage we train up to 200 epochs with an early stopping strategy based on the validation loss" See calculations here: https://docs.google.com/document/d/1luTCTQLmfaBfmnjbsBpWuG51x_IwuiN7mqNoOXtoi8Y/edit?usp=sharing Block 1: CNN 1: 2*20*20*20*3*3*3*4*8=13824000 CNN 2: 2*20*20*20*3*3*3*8*8=27648000 Block 2: CNN 1: 2*20*20*20*3*3*3*8*16=55296000 CNN 2: 2*20*20*20*3*3*3*16*16=110592000 Block 3: CNN 1: 2*20*20*20*3*3*3*16…
Der Trainingslauf
Was es physisch gekostet hat, um zu trainieren: welche Chips, wie viele, wie lange und was das aus der Wand gezogen hat.
- Trainingshardware
- NVIDIA Tesla K80
- Verwendete Chips
- 2
- Stromverbrauch
- 1.2 kW
Verfügbarkeit
Ob Sie das Modell beziehen und es auf Ihrer eigenen Hardware ausführen können, bestimmt, ob eine der Grafikkarten-Zahlen auf dieser Seite zutrifft.
- Gewichte
- Closed — provider access only
- Modellzugang
- Unreleased
- Training-Code
- Open source
Apache 2.0 https://github.com/IBM/fold2seq
Wie es klassifiziert ist
Labels, die das Quell-Datenset anwendet, wenn bemerkenswerte Modelle verfolgt werden, und wie zuversichtlich es in den Eintrag ist.
- Warum es verfolgt wird
- SOTA improvement
- Aufzeichnungsgenauigkeit
- Speculative
- Zitationen
- 56
"On test sets with single, high-resolution and complete structure inputs for individual folds, our experiments demonstrate improved or comparable performance of Fold2Seq in terms of speed, coverage, and reliability for sequence design, when compared to existing state-of-the-art methods that include data-driven deep generative models and physics-based RosettaDesign." [Abstract]
Quellen
Woher dieser Datensatz stammt und wann er zuletzt überprüft wurde.
- Referenz
- Fold2Seq: A Joint Sequence(1D)-Fold(3D) Embedding-based Generative Model for Protein Design
- Zuletzt aktualisiert
- 25 May 2026
Was die Zahlen bedeuten
Über dieses Modell
Fold2Seq wurde veröffentlicht von IBM,Texas A&M, im Land aufgezeichnet als United States of America, während June 2021. Die veröffentlichende Organisation ist als industry,Academia.
Es funktioniert im Bereich von Biology, und wird als die Aufgabe von aufgezeichnet proteins, Protein generation, Protein inverse folding, Protein fold classification.
Seine Gewichte wurden niemals veröffentlicht, daher kann es nur über seinen Anbieter erreicht werden. Keine Grafikkarten ändern das.
Was in den Aufbau geflossen ist
Der Trainingslauf verbrauchte etwa 1.4 × 10¹⁷ FLOP, auf Hardware erfasst als NVIDIA Tesla K80. Diese Zahl misst die Kosten für die Produktion des MODELLS und hat keinen Einfluss darauf, wie schnell es antwortet.
Es wurde auf einem Korpus von etwa 45,995 Text-Tokens
Der Grund, warum es überhaupt in diesem Katalog erscheint: sOTA improvement.
Antworten
Fold2Seq — Häufige Fragen
Fold2Seq— Wer hat es erstellt?
Es wurde veröffentlicht von IBM,Texas A&M, basiert auf United States of America, eine als kategorisierte Organisation industry,Academia.
Fold2Seq— Wann wurde es veröffentlicht?
Es wurde veröffentlicht in June 2021. Die Fähigkeit pro Parameter hat sich erheblich verbessert, sodass ein neueres Modell derselben Größe oft die bessere Nutzung derselben Hardware darstellt.
Fold2Seq— Wofür wird es verwendet?
Es funktioniert im Bereich von Biology, und wird als Bewältigung der Aufgabe von proteins, Protein generation, Protein inverse folding, Protein fold classification. Modelle tragen häufig mehr als eines von jeder, und die Tags beschreiben den Zweck anstelle von Fähigkeitsgrenzen.
Fold2Seq— Wie viel Rechenleistung wurde verwendet, um es zu trainieren?
Training verbrauchte etwa 1.4 × 10¹⁷ FLOP, auf Hardware erfasst als NVIDIA Tesla K80. Das misst, was die Produktion des Modells gekostet hat, und sagt nichts darüber aus, wie schnell es einmal trainiert antwortet — die Inferenzgeschwindigkeit kommt von der MEMORY-BANDWIDTH, nicht vom TRAINING-BUDGET.
Fold2Seq— Welche GPU benötige ich, um es auszuführen?
Dieses ist ein geschlossenes Modell — seine Gewichte wurden nie veröffentlicht, sodass es zu keinem Preis heruntergeladen oder auf Ihrer eigenen Hardware ausgeführt werden kann. Es ist nur über seinen Anbieter erreichbar.
Fold2Seq— Ist es Open-Source?
Nein. Seine Gewichte wurden nicht veröffentlicht, daher existiert es nur als ein Dienst, der von seinem Eigentümer kontrolliert wird.
Fold2Seq— Wie viele Parameter hat es?
Es hat eine Parameteranzahl von 12.4M. Three components, a sequence encoder, fold encoder, and sequence decoder. (1) and (3) have similar architectures, a sequence embedder + transformer block (the encoder uses a transformer encoder, the decoder uses a decoder block). The fold encoder adds 6 residual conv blocks and has a 3d positional encoder rather than sequence embedder. Each residual block has two 3D-convolutional layers (3×3×3) and batch normalization layers. Each transformer block has 4 layers and d = 256 latent dimensions. Calculations here: https://docs.google.com/document/d/1luTCTQLmfaBfmnjbsBpWuG51x_IwuiN7mqNoOXtoi8Y/edit?usp=sharing. Diese Zahl ist die Gesamtsumme, und sie bestimmt, wie viel MEMORY das MODEL benötigt – ungefähr ein halbes Gigabyte pro Milliarde bei der Kompression, die die meisten Menschen verwenden.
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