BERT-RBP calculateur TPS

Ouvrir les poids Waseda University 110M paramètres April 2022

Chaque carte ci-dessous est évaluée par rapport à ce modèle à la longueur de contexte et à la qualité minimale que vous choisissez. La vitesse est une estimation pour une demande unique, calculée à partir de la bande passante mémoire de la carte et de la taille du modèle une fois compressé..

Calculé pour ce modèle

818 cartes qui peuvent le faire

818 cartes dont nous détenons les spécifications pour

Carte la plus petite qui convient

Tesla C1080

4 GB · Q8_0 · 335 tok/s

Carte la plus rapide

B200

30,802 tok/s · 180 GB

Quelles GPU peuvent exécuter BERT-RBP?

Définir les entrées, lire la réponse

Une conversation plus longue nécessite plus de mémoire, ce qui peut pousser ce modèle hors des cartes plus petites..

Cache des cartes qui ne conviendraient qu'au modèle en le compressant en dessous de ce point..

818 cartes correspondent

Calcul en cours
Besoin Quantification Convient
30,802 tok/s

18,481–49,283 · faible confiance

B200 NVIDIA 180 GB 8,000 GB/s Jan 2024 0.8 GB Q8_0 Confortable
30,802 tok/s

18,481–49,283 · faible confiance

B300 NVIDIA 288 GB 8,000 GB/s Sep 2025 0.8 GB Q8_0 Confortable
24,596 tok/s

14,758–39,354 · faible confiance

Radeon Instinct MI350X AMD 288 GB 8,190 GB/s Jan 2025 0.8 GB Q8_0 Confortable
24,596 tok/s

14,758–39,354 · faible confiance

Radeon Instinct MI355X AMD 288 GB 8,190 GB/s Jan 2025 0.8 GB Q8_0 Confortable
19,671 tok/s

11,803–31,474 · faible confiance

Radeon Instinct MI300 AMD 128 GB 6,550 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
18,828 tok/s

11,297–30,124 · faible confiance

H200 NVL NVIDIA 141 GB 4,890 GB/s Nov 2024 0.8 GB Q8_0 Confortable
18,828 tok/s

11,297–30,124 · faible confiance

H200 SXM 141 GB NVIDIA 141 GB 4,890 GB/s Nov 2024 0.8 GB Q8_0 Confortable
18,019 tok/s

10,812–28,831 · faible confiance

Radeon Instinct MI325X AMD 256 GB 6,000 GB/s Oct 2024 0.8 GB Q8_0 Confortable
15,992 tok/s

9,595–25,587 · faible confiance

Radeon Instinct MI300A AMD 128 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
15,992 tok/s

9,595–25,587 · faible confiance

Radeon Instinct MI300X AMD 192 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
15,992 tok/s

9,595–25,587 · faible confiance

Radeon Instinct MI308X AMD 192 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
15,170 tok/s

9,102–24,272 · faible confiance

H100 NVL 94 GB NVIDIA 94 GB 3,940 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
12,937 tok/s

7,762–20,699 · faible confiance

H100 PCIe 96 GB NVIDIA 96 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
12,937 tok/s

7,762–20,699 · faible confiance

H100 SXM5 80 GB NVIDIA 80 GB 3,360 GB/s Oct 2022 0.8 GB Q8_0 Confortable
12,937 tok/s

7,762–20,699 · faible confiance

H100 SXM5 94 GB NVIDIA 94 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
12,937 tok/s

7,762–20,699 · faible confiance

H100 SXM5 96 GB NVIDIA 96 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
12,937 tok/s

7,762–20,699 · faible confiance

H800 SXM5 NVIDIA 80 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
9,851 tok/s

5,910–15,761 · faible confiance

Radeon Instinct MI250 AMD 128 GB 3,280 GB/s Nov 2021 0.8 GB Q8_0 Confortable
9,851 tok/s

5,910–15,761 · faible confiance

Radeon Instinct MI250X AMD 128 GB 3,280 GB/s Nov 2021 0.8 GB Q8_0 Confortable
8,209 tok/s

4,925–13,134 · faible confiance

Data Center GPU Max 1550 Intel 128 GB 3,280 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
8,034 tok/s

4,820–12,854 · faible confiance

Data Center GPU Max Subsystem Intel 128 GB 3,210 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable
7,855 tok/s

4,713–12,567 · faible confiance

A100 SXM4 80 GB NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Nov 2020 0.8 GB Q8_0 Confortable
7,855 tok/s

4,713–12,567 · faible confiance

A100X NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Jun 2021 0.8 GB Q8_0 Confortable
7,855 tok/s

4,713–12,567 · faible confiance

A800 SXM4 80 GB NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Aug 2022 0.8 GB Q8_0 Confortable
7,855 tok/s

4,713–12,567 · faible confiance

H100 CNX NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Confortable

Les vitesses sont des estimations pour une seule demande — une conversation à la fois — calculées à partir de la bande passante de la mémoire, de la taille du modèle et de la quantification. Le débit réel varie avec le temps d'exécution d'inférence et sa version. Les chiffres publiés par les fournisseurs de matériel mesurent de nombreuses demandes simultanées et sont beaucoup plus élevés..

Enregistrement

Spécifications complètes

Tout est enregistré pour ce modèle. La plupart décrit comment il a été entraîné plutôt que comment il fonctionne — un contexte utile pour juger combien de travail a été investi, et comment il se compare avec des modèles construits à une échelle différente..

Origine

Qui a construit ce modèle, où, et quand il a été publié.

Organisation
Waseda University
Type d'organisation
Academia
Pays
Japan
Publié
7 April 2022
Auteurs
Keisuke Yamada, Michiaki Hamada

Ce qu'il fait

Les domaines problématiques pour lesquels le modèle a été conçu. Un modèle peut contenir plusieurs de chacun.

Domaine
Biology
Tâche
Proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction
Modèle de base
DNABERT

Taille

Quelle est la taille du modèle et combien de données il a été formé. Les paramètres sont le chiffre qui décide s'il convient à une carte graphique donnée.

paramètres
110M

Base model is BERT base (110M parameters), pre-trained on human reference genome (DNABert: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/15/2112/6128680)

Données d'entraînement
tokens

RBPs: 154 Sequences per RBP: 15,000 Total sequences = 154 × 15,000 = 2,310,000 Tokens per sequence = 34 Total tokens = 2,310,000 × 34 = 78,540,000 Final estimate: 7.8 × 10⁷ tokens

Époques
3

Calcul de formation

L'arithmétique effectuée pour entraîner le modèle, mesurée en opérations en virgule flottante. C'est une mesure du coût de l'exécution de l'entraînement, pas de la rapidité avec laquelle le modèle fini vous répond.

Calcul de formation
1.4 × 10²⁰ FLOP

See DNABert entry: "Since the pre-training of DNABERT model is resource-intensive (about 25 days on 8 NVIDIA 2080Ti GPUs)" Assuming FP16 and 30% utilization Calculation = (25 * 24 *3600) s * 2.7e13 FLOP/s per GPU * 8 GPUs * 0.3 utilization = 1.4e20 FLOP

Comment cela a été établi
Hardware
Ajustement fin des calculs
2.2 × 10¹⁶ FLOP

"The models were trained on four NVIDIA Tesla V100 GPUs (128 GB memory). The training of one RBP model using 19 200 samples took <10 min." Calculation assuming FP16 and 30% utlization and NVIDIA Tesla V100 SMX2 model: 10 min * 60 sec/min * 3.1e13 FLOP/s * 4 GPU * 0.3 utilization = 2.2e16

Disponibilité

Que vous puissiez obtenir le modèle et l'exécuter sur votre propre matériel, ce qui détermine si l'un des chiffres de la carte graphique sur cette page s'applique.

Poids
Open — downloadable
Accès au modèle
Open weights (non-commercial)
Code d'entraînement
Open (non-commercial)

No clear license: https://github.com/kkyamada/bert-rbp train script: https://github.com/kkyamada/bert-rbp/blob/master/examples/run_finetune.py data also doesn't have a clear license: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/RBPsuite/dataset_new.html

Comment il est classé

Étiquettes que le ensemble de données source applique lors du suivi de modèles notables, et à quel point il est confiant dans l'entrée.

Pourquoi c'est suivi
SOTA improvement

"Our model outperformed state-of-the-art prediction models using the eCLIP-seq data of 154 RBPs" [Abstract] - SOTA improvement on a very specific task "Using the eCLIP-seq data of 154 different RBPs, our model outperformed state-of-the-art methods and the baseline BERT model."

Confiance d'enregistrement
Confident
Citations
68

Sources

D'où vient cet enregistrement et quand a-t-il été vérifié pour la dernière fois.

Référence
Prediction of RNA–protein interactions using a nucleotide language model
Dernière mise à jour
1 January 2026

Les extrêmes

Ce que les chiffres signifient

Le côté matériel

Carte minimale

Tesla C1080

Mémoire requise

0.8 GB

Le plus rapide

30,802 tok/s

BERT-RBP atteint un nombre de paramètres de 110M. C'est suffisamment petit pour que le matériel soit rarement l'obstacle, y compris sur des CARDS âgées de plusieurs années. Le nombre de CARDS que nous suivons et qui peuvent le faire fonctionner : 818.

À l'extrémité inférieure, cela est géré par Tesla C1080, avec une capacité de mémoire de 4 GB, le faisant fonctionner à une compression de Q8_0 et produisant environ 335 tokens par seconde

Le résultat le plus rapide vient de B200, générant à peu près 30,802 tokens par seconde sur la base d'une bande passante de mémoire de 8,000 GB/s.

Ce que ce modèle est

BERT-RBP a été publié par Waseda University, dans le pays enregistré comme Japan, durant April 2022. Cela provient d'une organisation classée comme academia.

Il fonctionne dans le domaine de Biology, et est enregistré comme exécutant la tâche de proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction.

Son point de départ était un modèle de base existant, DNABERT. La plupart des modèles à cette échelle sont adaptés d'une base existante plutôt que construits de rien.

Les poids étant ouverts, c'est ce qui place cette page dans le calculateur plutôt que seulement dans le catalogue : c'est un modèle que vous pouvez réellement tenir.

Qu'est-ce qui détermine la vitesse

La moitié des cartes qui le détiennent gèrent plus de 864.9 tokens par seconde. Produire du texte plus vite que la plupart des gens ne le lisent. 818 d'eux

C'est un modèle dense, donc chaque paramètre est lu pour chaque jeton produit. Cela rend la vitesse presque exactement proportionnelle à la bande passante mémoire — une carte avec le double de la bande passante génère environ deux fois plus rapidement.

La mémoire ici est estimée à partir de la taille plutôt que calculée à partir de l'architecture, qui n'est pas enregistrée pour ce modèle — les chiffres sont indicatifs plutôt qu'exacts.

Qu'est-ce qui a été nécessaire pour le construire

La production a nécessité des calculs totalisant environ 1.4 × 10²⁰ FLOP. Ce chiffre mesure le coût de production du modèle, et n'a aucune incidence sur la vitesse de réponse.

Il est suivi dans le ensemble de données sous-jacent pour une raison particulière : sOTA improvement.

Étape par étape

Comment choisir un GPU pour BERT-RBP

Le tableau ci-dessus a déjà évalué chaque carte pour laquelle nous avons des spécifications par rapport à ce modèle. Obtenir votre réponse prend six étapes..

  1. 01

    Lisez d'abord le chiffre de mémoire

    Chaque carte ici a été vérifiée contre BERT-RBP, ayant besoin d'environ 0.8 GB à une compression de Q8_0. Aucun montant de puissance de traitement ne compense une carte qui ne peut pas la supporter.

  2. 02

    Décidez combien de temps vos conversations tournent

    La conversation occupe aussi de la mémoire et grandit au fur et à mesure. Réglez le curseur sur la longueur que vous attendez, car avec un long CONTEXTE, une CARTE qui gère facilement les courtes questions peut être abandonnée par. BERT-RBP.

  3. 03

    Décidez combien de compression vous allez accepter

    La Compression est ce qui permet à un modèle de s'adapter à des cartes plus petites, au prix d'une certaine précision., atteignant une compression de Q8_0 sur la plus petite carte qui convient. Fixer une qualité minimale élimine les cartes qui ne parviennent à l'atteindre qu'en exerçant une pression plus forte que vous ne le souhaiteriez, et maintient la comparaison à un niveau.

  4. 04

    Trier par vitesse

    La commande de vitesse est effectivement un classement par bande passante mémoire, pour BERT-RBP. Il ne s'alignera pas sur une commande de jeu, car la génération est limitée par la bande passante de la mémoire. La carte en tête de liste est B200, à 30,802 tok/s

  5. 05

    Lisez la colonne de compatibilité en dernier.

    La colonne d'adéquation sépare les cartes qui y parviennent juste de celles qui ont de la marge, dans le cas de BERT-RBP. Confortable signifie que vous pouvez augmenter le contexte plus tard. Cette différence compte plus que quelques tokens par seconde, donc achetez pour confortable si vous vous attendez à cela.

  6. 06

    Voir ce que cette carte exécute d'autre.

    Chaque page de carte répète ce balayage pour chaque modèle que nous détenons, répondant à ce que le matériel peut faire d'autre au-delà de BERT-RBP.

Réponses

BERT-RBP — questions courantes

01

BERT-RBP— Puis-je l'exécuter sur un GPU détenant 24 GB ?

Oui. La carte GeForce RTX 5090 D V2, tenue 24 GB, l'exécute à une compression de Q8_0, environ 0.8 GO et générant à peu près 5,159 jetons par seconde. L'adéquation est confortable.

02

BERT-RBP— est-ce que c'est open source ?

Ses poids sont publiés, donc il peut être téléchargé et exécuté sur votre propre matériel. Notez que les poids ouverts ne sont pas la même chose que l'open source au sens plein — cela ne dit rien sur les données d'entraînement, le code d'entraînement ou les conditions commerciales attachées.

03

BERT-RBP— combien de paramètres cela a-t-il ?

Il a un nombre de paramètres de 110M. Base model is BERT base (110M parameters), pre-trained on human reference genome (DNABert: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/15/2112/6128680). Ce chiffre est le total, et c'est ce qui détermine combien de mémoire le modèle nécessite — environ un demi-gigaoctet par milliard à la compression que la plupart des gens utilisent.

04

BERT-RBP— qui l'a créé ?

Il a été publié par Waseda University, basé sur Japan, une organisation catégorisée comme academia.

05

BERT-RBP— quand a-t-il été publié ?

Il a été publié dans April 2022. La capacité par paramètre s'est considérablement améliorée depuis, donc un modèle plus récent de la même taille est souvent le meilleur usage du même matériel.

06

BERT-RBP— à quoi ça sert ?

Il fonctionne dans le domaine de Biology, et est enregistré comme gérant la tâche de proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction. Un modèle peut porter plusieurs de chacun, donc ce sont les domaines pour lesquels il a été conçu plutôt qu'une limite sur ce qu'il tentera.

07

BERT-RBP— où puis-je le télécharger ?

Les poids sont publiés, bien que nous ne possédions pas de lien vers un dépôt pour cela. Ce site calcule les exigences matérielles plutôt que d'héberger des fichiers de modèle.

08

BERT-RBP— combien de puissance de calcul a été utilisée pour l'entraîner ?

L'entraînement a consommé environ 1.4 × 10²⁰ FLOP. Cela mesure ce que coûte la production du modèle et ne dit rien sur la rapidité avec laquelle il répond une fois entraîné — la vitesse d'inférence provient de la bande passante mémoire, et non du budget d'entraînement.

09

BERT-RBP— Puis-je l'exécuter s'il ne tient pas dans ma GPU?

Seulement en déchargeant, ce qui est généralement une fausse économie : la partie maintenue en mémoire système tire l'ensemble vers le bas. Chaque chiffre ici suppose que l'ensemble du modèle est résident sur la carte.

10

BERT-RBP— deux GPUs l'exécuteraient-ils plus rapidement ?

Une seconde carte double à peu près la mémoire disponible mais pas le taux de génération. Le nombre déjà capable de le faire seul : 818. Ainsi, une seconde carte est rarement la réponse ici.

11

BERT-RBP— pourquoi la quantification diffère-t-elle entre les cartes ?

Une carte plus grande contient une copie plus précise. Le nombre de niveaux de compression utilisés sur les cartes qui l'exécutent : 1. Les cartes plus grandes obtiennent la version plus précise, et le seuil de qualité au-dessus fixe la comparaison à un niveau.

12

BERT-RBP— quelle est la précision de ces estimations de vitesse ?

Ils sont calculés à partir des spécifications plutôt que mesurés, et chacun a une plage. Un exemple : 18,481–49,283 tok/s sur B200. Le même modèle et carte varient de trente à cinquante pour cent en fonction du logiciel d'inférence et de sa version.

13

BERT-RBP— Quelle GPU ai-je besoin pour l'exécuter ?

La plus petite CARTE de notre catalogue qui le supporte est Tesla C1080, avec une capacité de mémoire de 4 GB. Il exécute le modèle à une compression de Q8_0 environ 0.8 GB, et produit environ 335 tous les GPU capables de l'exécuter en total 818.

14

BERT-RBP— à quelle vitesse est-il sur un GPU ?

Cela dépend de la carte. Le plus rapide que nous calculons est B200, à propos de 30,802 tokens par seconde; le plus lent qui fonctionne encore gère considérablement moins. La vitesse de lecture est d'environ dix tokens par seconde, et le nombre de cartes qui réussissent cela : 818.

15

BERT-RBP— combien de VRAM cela nécessite-t-il ?

Cela nécessite environ 0.8 GB à une compression de Q8_0, laquelle est la plus petite carte qui l'exécute. Moins de compression nécessite plus : les chiffres dans la colonne mémoire ci-dessus sont recalculés pour chaque carte, car chacune détient la version la moins compressée qu'elle peut.

16

BERT-RBP— Puis-je l'exécuter sur un GPU détenant 8 GB ?

Oui. La carte CMP 170HX 8 GB, tenue 8 GB, l'exécute à une compression de Q8_0, environ 0.8 GO et générant à peu près 5,737 jetons par seconde. L'adéquation est confortable.

17

BERT-RBP— Puis-je l'exécuter sur un GPU détenant 12 GB ?

Oui. La carte GeForce RTX 3080 Ti, tenue 12 GB, l'exécute à une compression de Q8_0, environ 0.8 GO et générant à peu près 3,513 jetons par seconde. L'adéquation est confortable.

18

BERT-RBP— Puis-je l'exécuter sur un GPU détenant 16 GB ?

Oui. La carte Tesla V100 SXM2 16 GB, tenue 16 GB, l'exécute à une compression de Q8_0, environ 0.8 GO et générant à peu près 4,351 jetons par seconde. L'adéquation est confortable.

Source

Publication originale

Dernière mise à jour enregistrée 1 January 2026

L'autre direction

Regardez-le de l'autre côté ?

Cette page commence par le modèle. Si vous possédez déjà une carte et souhaitez savoir tout ce qu'elle exécutera., commencez par le matériel à la place.