BERT-RBP TPS-rekenmachine
Elke kaart hieronder wordt beoordeeld op basis van dit model met de contextlengte en minimale kwaliteit die je kiest. Snelheid is een schatting voor een enkele aanvraag, berekend op basis van de geheugendoorvoer van de kaart en de grootte van het model eenmaal gecomprimeerd..
Bereken voor dit model
818 kaarten die we hebben specificaties voor
Kleinste kaart die past
Tesla C1080
4 GB · Q8_0 · 335 tok/s
Snelste kaart
B200
30,802 tok/s · 180 GB
Welke GPU's kunnen draaien BERT-RBP?
Stel de invoer in, lees het antwoord
Een langere conversatie heeft meer geheugen nodig, wat dit model van kleinere kaarten kan duwen..
Verbergt kaarten die alleen in het model passen door het onder dit punt te comprimeren.
818 kaarten passen
Berekenen| Heeft | Kwantificatie | Past | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
30,802
tok/s
18,481–49,283 · lage vertrouwen |
B200 NVIDIA | 180 GB | 8,000 GB/s | Jan 2024 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
30,802
tok/s
18,481–49,283 · lage vertrouwen |
B300 NVIDIA | 288 GB | 8,000 GB/s | Sep 2025 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
24,596
tok/s
14,758–39,354 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI350X AMD | 288 GB | 8,190 GB/s | Jan 2025 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
24,596
tok/s
14,758–39,354 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI355X AMD | 288 GB | 8,190 GB/s | Jan 2025 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
19,671
tok/s
11,803–31,474 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI300 AMD | 128 GB | 6,550 GB/s | Jan 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
18,828
tok/s
11,297–30,124 · lage vertrouwen |
H200 NVL NVIDIA | 141 GB | 4,890 GB/s | Nov 2024 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
18,828
tok/s
11,297–30,124 · lage vertrouwen |
H200 SXM 141 GB NVIDIA | 141 GB | 4,890 GB/s | Nov 2024 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
18,019
tok/s
10,812–28,831 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI325X AMD | 256 GB | 6,000 GB/s | Oct 2024 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
15,992
tok/s
9,595–25,587 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI300A AMD | 128 GB | 5,325 GB/s | Dec 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
15,992
tok/s
9,595–25,587 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI300X AMD | 192 GB | 5,325 GB/s | Dec 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
15,992
tok/s
9,595–25,587 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI308X AMD | 192 GB | 5,325 GB/s | Dec 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
15,170
tok/s
9,102–24,272 · lage vertrouwen |
H100 NVL 94 GB NVIDIA | 94 GB | 3,940 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
12,937
tok/s
7,762–20,699 · lage vertrouwen |
H100 PCIe 96 GB NVIDIA | 96 GB | 3,360 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
12,937
tok/s
7,762–20,699 · lage vertrouwen |
H100 SXM5 80 GB NVIDIA | 80 GB | 3,360 GB/s | Oct 2022 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
12,937
tok/s
7,762–20,699 · lage vertrouwen |
H100 SXM5 94 GB NVIDIA | 94 GB | 3,360 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
12,937
tok/s
7,762–20,699 · lage vertrouwen |
H100 SXM5 96 GB NVIDIA | 96 GB | 3,360 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
12,937
tok/s
7,762–20,699 · lage vertrouwen |
H800 SXM5 NVIDIA | 80 GB | 3,360 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
9,851
tok/s
5,910–15,761 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI250 AMD | 128 GB | 3,280 GB/s | Nov 2021 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
9,851
tok/s
5,910–15,761 · lage vertrouwen |
Radeon Instinct MI250X AMD | 128 GB | 3,280 GB/s | Nov 2021 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
8,209
tok/s
4,925–13,134 · lage vertrouwen |
Data Center GPU Max 1550 Intel | 128 GB | 3,280 GB/s | Jan 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
8,034
tok/s
4,820–12,854 · lage vertrouwen |
Data Center GPU Max Subsystem Intel | 128 GB | 3,210 GB/s | Jan 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
7,855
tok/s
4,713–12,567 · lage vertrouwen |
A100 SXM4 80 GB NVIDIA | 80 GB | 2,040 GB/s | Nov 2020 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
7,855
tok/s
4,713–12,567 · lage vertrouwen |
A100X NVIDIA | 80 GB | 2,040 GB/s | Jun 2021 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
7,855
tok/s
4,713–12,567 · lage vertrouwen |
A800 SXM4 80 GB NVIDIA | 80 GB | 2,040 GB/s | Aug 2022 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
|
7,855
tok/s
4,713–12,567 · lage vertrouwen |
H100 CNX NVIDIA | 80 GB | 2,040 GB/s | Mar 2023 | 0.8 GB | Q8_0 | Comfortabel |
Snelheden zijn schattingen voor een enkele aanvraag — één gesprek tegelijk — berekend vanuit geheugendebandbreedte, modelgrootte en kwantisatie. De werkelijke doorvoer varieert met de inferentietijd en de versie ervan. Cijfers gepubliceerd door hardwareleveranciers meten veel gelijktijdige aanvragen en zijn veel hoger.
Op record
Volledige specificatie
Alles wat geregistreerd is voor dit model. Het merendeel beschrijft hoe het getraind werd in plaats van hoe het draait - nuttige context om te beoordelen hoeveel werk erin is gestoken, en hoe het zich verhoudt tot modellen die op een andere schaal zijn gebouwd..
Oorsprong
Wie heeft dit model gebouwd, waar, en wanneer het gepubliceerd werd.
- Organisatie
- Waseda University
- Organisatietype
- Academia
- Land
- Japan
- Gepubliceerd
- 7 April 2022
- Auteurs
- Keisuke Yamada, Michiaki Hamada
Wat het doet
De probleemgebieden waarvoor het model is gebouwd. Een model kan meerdere van elk bevatten.
- Domein
- Biology
- Taak
- Proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction
- Basis model
- DNABERT
Grootte
Hoe groot het model is en hoeveel data het is getraind. Parameters zijn het cijfer dat bepaalt of het past op een gegeven grafische kaart.
- parameters
- 110M
- Training gegevens
- tokens
- Epochs
- 3
Base model is BERT base (110M parameters), pre-trained on human reference genome (DNABert: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/15/2112/6128680)
RBPs: 154 Sequences per RBP: 15,000 Total sequences = 154 × 15,000 = 2,310,000 Tokens per sequence = 34 Total tokens = 2,310,000 × 34 = 78,540,000 Final estimate: 7.8 × 10⁷ tokens
Training rekenen
De berekeningen uitgevoerd om het model te trainen, gemeten in drijvende-komma-operaties. Het is een maat voor wat de trainingsrun kostte, niet voor hoe snel het voltooide model je beantwoordt.
- Training rekenen
- 1.4 × 10²⁰ FLOP
- Hoe het werd opgericht
- Hardware
- Fijn-tuning compute
- 2.2 × 10¹⁶ FLOP
See DNABert entry: "Since the pre-training of DNABERT model is resource-intensive (about 25 days on 8 NVIDIA 2080Ti GPUs)" Assuming FP16 and 30% utilization Calculation = (25 * 24 *3600) s * 2.7e13 FLOP/s per GPU * 8 GPUs * 0.3 utilization = 1.4e20 FLOP
"The models were trained on four NVIDIA Tesla V100 GPUs (128 GB memory). The training of one RBP model using 19 200 samples took <10 min." Calculation assuming FP16 and 30% utlization and NVIDIA Tesla V100 SMX2 model: 10 min * 60 sec/min * 3.1e13 FLOP/s * 4 GPU * 0.3 utilization = 2.2e16
Beschikbaarheid
Of je het model kunt verkrijgen en het op je eigen hardware kunt draaien, wat bepaalt of een van de grafische kaartcijfers op deze pagina van toepassing is.
- Gewichten
- Open — downloadable
- Toegang tot model
- Open weights (non-commercial)
- Training code
- Open (non-commercial)
No clear license: https://github.com/kkyamada/bert-rbp train script: https://github.com/kkyamada/bert-rbp/blob/master/examples/run_finetune.py data also doesn't have a clear license: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/RBPsuite/dataset_new.html
Hoe het is geclassificeerd
Labels van de brondataset die worden toegepast bij het volgen van opmerkelijke modellen, en hoe zeker het is van de invoer.
- Waarom het wordt gevolgd
- SOTA improvement
- Record vertrouwen
- Confident
- Citaties
- 68
"Our model outperformed state-of-the-art prediction models using the eCLIP-seq data of 154 RBPs" [Abstract] - SOTA improvement on a very specific task "Using the eCLIP-seq data of 154 different RBPs, our model outperformed state-of-the-art methods and the baseline BERT model."
Bronnen
Waar deze record vandaan kwam en wanneer deze voor het laatst is gecontroleerd.
- Referentie
- Prediction of RNA–protein interactions using a nucleotide language model
- Laatst bijgewerkt
- 1 January 2026
De extremen
De tien snelste GPU's die draaien BERT-RBP
Gerangschikt op geschatte tokens per seconde, nieuwste kaart eerst waar snelheden gelijk zijn. Omdat generatie gebonden is aan geheugensnelheid, volgt deze ordening de snelheid in plaats van een gamebenchmark..
- 01 B300 288 GB · 8,000 GB/s · Q8_0 30,802 tok/s
- 02 B200 180 GB · 8,000 GB/s · Q8_0 30,802 tok/s
- 03 Radeon Instinct MI350X 288 GB · 8,190 GB/s · Q8_0 24,596 tok/s
- 04 Radeon Instinct MI355X 288 GB · 8,190 GB/s · Q8_0 24,596 tok/s
- 05 Radeon Instinct MI300 128 GB · 6,550 GB/s · Q8_0 19,671 tok/s
- 06 H200 NVL 141 GB · 4,890 GB/s · Q8_0 18,828 tok/s
- 07 H200 SXM 141 GB 141 GB · 4,890 GB/s · Q8_0 18,828 tok/s
- 08 Radeon Instinct MI325X 256 GB · 6,000 GB/s · Q8_0 18,019 tok/s
- 09 Radeon Instinct MI300A 128 GB · 5,325 GB/s · Q8_0 15,992 tok/s
- 10 Radeon Instinct MI300X 192 GB · 5,325 GB/s · Q8_0 15,992 tok/s
De kleinste GPU's die nog steeds draaien BERT-RBP
De goedkoopste route erin, op basis van geheugencapaciteit. Een krappe pasvorm draait het model maar laat niets over voor een langer gesprek..
- 01 GeForce RTX 4010 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 370 tok/s
- 02 RTX A400 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 370 tok/s
- 03 RTX 500 Mobile Ada Generation 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 493 tok/s
- 04 GeForce RTX 3050 A Mobile 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 739 tok/s
- 05 Jetson Orin Nano 4 GB 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 131 tok/s
- 06 Radeon RX 6450M 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 384 tok/s
- 07 Radeon RX 6550M 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 432 tok/s
- 08 Radeon RX 6550S 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 384 tok/s
- 09 Arc A310 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 310 tok/s
- 10 Arc Pro A30M 4 GB · Heeft 0.8 GB · Q8_0 · Comfortabel 320 tok/s
Wat de cijfers betekenen
De hardwarekant
Minimum kaart
Tesla C1080
Geheugen nodig
0.8 GB
Snelste
30,802 tok/s
BERT-RBP bereikt een parameter telling van 110M. Dat is klein genoeg zodat hardware zelden de obstakel is, inclusief op kaarten van enkele jaren oud. Het aantal kaarten dat we volgen die het kunnen draaien: 818.
Aan de onderkant wordt het afgehandeld door Tesla C1080, met een geheugen capaciteit van 4 GB, het draaien ervan met een compressie van Q8_0 en produceren rond 335 tokens per seconde
De snelste resultaten komen van B200, genereren ongeveer 30,802 tokens per seconde op basis van een geheugendoorbandsnelheid van 8,000 GB/s.
Wat dit model is
BERT-RBP werd gepubliceerd door Waseda University, in het land geregistreerd als Japan, tijdens April 2022. Het komt uit een organisatie gecategoriseerd als academia.
Het werkt in het domein van Biology, en wordt geregistreerd als het uitvoeren van de taak van proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction.
Het startpunt was een bestaand basismodel, DNABERT. De meeste modellen op deze schaal zijn aangepast van een bestaande basis in plaats van vanuit het niets gebouwd.
Het feit dat de gewichten open zijn, is wat deze pagina in de calculator plaatst in plaats van alleen in de catalogus: het is een model dat je daadwerkelijk kunt vasthouden.
Wat bepaalt de snelheid
De helft van de kaarten die het vasthouden, beheren meer dan 864.9 tokens per seconde. Het produceren van tekst sneller dan de meeste mensen het lezen. 818 van hen
Het is een dicht model, dus elke parameter wordt gelezen voor elk token dat wordt geproduceerd. Dat maakt de snelheid bijna precies het geheugenbandbreedte bijhouden — een kaart met twee keer de bandbreedte genereert ongeveer twee keer zo snel.
Geheugen hier is geschat op basis van grootte in plaats van berekend vanuit de architectuur, die niet is vastgelegd voor dit model — de cijfers zijn indicatief eerder dan exact.
Wat erin ging zitten om het te bouwen
Het produceren ervan vereiste een rekenkundige totaal van ongeveer 1.4 × 10²⁰ FLOP. Die figuur meet wat het produceren van het model heeft gekost en heeft geen invloed op hoe snel het antwoord geeft.
Het wordt gevolgd in de onderliggende dataset om één specifieke reden: sOTA improvement.
Stap voor stap
Hoe een GPU te kiezen voor BERT-RBP
De tabel hierboven heeft elke kaart die we specificaties voor hebben al vergeleken met dit model. Het bereiken van uw antwoord kost zes stappen..
-
01
Lees eerst de geheugenfiguur
Elke kaart hier is gecontroleerd op BERT-RBP, ongeveer nodig 0.8 GB bij een compressie van Q8_0. Geen hoeveelheid verwerkingskracht compenseert een kaart die het niet kan vasthouden.
-
02
Bepaal hoe lang je gesprekken duren
Het gesprek verbruikt ook geheugen en groeit naarmate het vordert. Stel de schuifregelaar in op de lengte die je verwacht, want bij lange CONTEXT kan een KAART die korte vragen gemakkelijk afhandelt, verworpen worden door BERT-RBP.
-
03
Bepaal hoeveel compressie je accepteert
Compressie is wat een model laat passen op kleinere kaarten, tegen een bepaalde kost in nauwkeurigheid., bereiken van een compressie van Q8_0 op de kleinste kaart die past. Het instellen van een minimumkwaliteit laat de kaarten vallen die het alleen maar beheersen door verder te persen dan je zou willen, en houdt de vergelijking op één niveau.
-
04
Sorteer op snelheid
De snelheid volgorde is effectief een volgorde op basis van GPU VRAM. BERT-RBP. Het zal niet passen bij een gaming bestelling, omdat generatie gebonden is aan geheugenbandbreedte. De kaart bovenaan de lijst is B200, bij 30,802 tok/s
-
05
Lees de passen kolom laatst
De fit-kolom scheidt kaarten die het net halen van die met ruimte over, in het geval van BERT-RBP. Comfortabel betekent dat je de context later kunt vergroten. Dat verschil is belangrijker dan een paar tokens per seconde, dus koop voor comfortabel als je dat verwacht.
-
06
Zie wat die kaart nog meer draait
Elke kaartpagina herhaalt deze scan voor elk model dat we hebben, en beantwoordt waarvoor de hardware verder goed is naast BERT-RBP.
Antwoorden
BERT-RBP — veelgestelde vragen
BERT-RBP— kan ik het draaien op een GPU met 24 GB?
Ja. De GPU kaart GeForce RTX 5090 D V2, houden 24 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 5,159 tokens per second. De fit is comfortabel.
BERT-RBP— is het open-source?
De gewichten zijn gepubliceerd, zodat ze kunnen worden gedownload en op je eigen hardware kunnen worden uitgevoerd. Houd er rekening mee dat OPEN WEIGHTS niet hetzelfde is als open source in de volle zin — het zegt niets over de trainingsdata, de trainingscode of de commerciële voorwaarden die eraan zijn verbonden.
BERT-RBP— hoeveel parameters heeft het?
Het heeft een parameter telling van 110M. Base model is BERT base (110M parameters), pre-trained on human reference genome (DNABert: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/15/2112/6128680). Dat cijfer is het totaal, en het bepaalt hoeveel MEMORY het MODEL nodig heeft - ongeveer een halve gigabyte per miljard bij de compressie die de meeste mensen gebruiken.
BERT-RBP— wie heeft het gemaakt?
Het werd gepubliceerd door Waseda University, gebaseerd op Japan, een organisatie geclassificeerd als academia.
BERT-RBP— wanneer is het uitgebracht?
Het werd gepubliceerd in April 2022. De capaciteit per parameter is aanzienlijk verbeterd sinds, zodat een nieuwere model van dezelfde grootte vaak een betere benutting van dezelfde hardware is.
BERT-RBP— waarvoor wordt het gebruikt?
Het werkt in het domein van Biology, en wordt geregistreerd als het afhandelen van proteins, Protein interaction prediction, RNA-Protein interaction prediction. Een model kan er verschillende van elk dragen, dus dit zijn de gebieden waarvoor het is gebouwd in plaats van een limiet op wat het zal proberen.
BERT-RBP— waar kan ik het downloaden?
De gewichten zijn gepubliceerd, hoewel we geen repositorylink daarvoor hebben. Deze site berekent hardwarevereisten in plaats van modelbestanden te hosten.
BERT-RBP— hoeveel rekencapaciteit is gebruikt om het te trainen?
Training verbruikte ongeveer 1.4 × 10²⁰ FLOP. Dat meet wat het kosten om het model te produceren en zegt niets over hoe snel het antwoord geeft zodra het getraind is — inferentie snelheid komt van geheugenbandbreedte, niet van het trainingsbudget.
BERT-RBP— kan ik het draaien als het niet in mijn GPU past?
Alleen door af te laden, wat meestal een valse economie is: het deel dat in systeemgeheugen wordt vastgehouden, houdt het hele ding tegen. Elke figuur hier gaat ervan uit dat het hele model op de kaart staat.
BERT-RBP— Zouden twee GPU's het sneller draaien?
Een tweede kaart verdubbelt ruwweg het beschikbare geheugen, maar niet de generatie snelheid. Het aantal dat al in staat is om het alleen te draaien: 818. Dus een tweede card is zelden het antwoord hier.
BERT-RBP— waarom verschilt de quantisatie tussen kaarten?
Een grotere CARD houdt een nauwkeuriger kopie. Het aantal compressieniveaus dat gebruikt wordt op de CARDS die het draaien: 1. Grotere CARDS krijgen de meer nauwkeurige versie, en de kwaliteitsvloer boven pins beperkt de vergelijking tot één niveau.
BERT-RBP— hoe nauwkeurig zijn deze snelheidsschattingen?
Ze worden berekend uit specificaties in plaats van gemeten, en elk heeft een bereik. Een voorbeeld: 18,481–49,283 tok/s op B200. Hetzelfde model en kaart variëren met dertig tot vijftig procent, afhankelijk van de inferentiesoftware en de versie ervan.
BERT-RBP— Welke GPU heb ik nodig om het te draaien?
De kleinste kaart in onze catalogus die het vasthoudt is Tesla C1080, met een geheugen capaciteit van 4 GB. Het draait het model op een compressie van Q8_0 ongeveer 0.8 GB, en produceert ongeveer 335 tokens per second. Het aantal kaarten dat het totaal kan draaien: 818.
BERT-RBP— hoe snel is het op een GPU?
Het hangt af van de kaart. De snelste die we berekenen is B200, ongeveer 30,802 tokens per seconde; de langzaamste die het nog steeds draait haalt aanzienlijk minder. De leessnelheid is rond de tien tokens per seconde, en het aantal kaarten dat dat haalt: 818.
BERT-RBP— hoeveel VRAM heeft het nodig?
Het heeft ongeveer 0.8 GB bij een compressie van Q8_0, welke is wat de kleinste card die het draait gebruikt. Minder compressie heeft meer nodig: de cijfers in de memory-kolom hierboven worden opnieuw berekend voor elke card, omdat elke card de minst gecomprimeerde versie kan vasthouden.
BERT-RBP— kan ik het draaien op een GPU met 8 GB?
Ja. De GPU kaart CMP 170HX 8 GB, houden 8 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 5,737 tokens per second. De fit is comfortabel.
BERT-RBP— kan ik het draaien op een GPU met 12 GB?
Ja. De GPU kaart GeForce RTX 3080 Ti, houden 12 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 3,513 tokens per second. De fit is comfortabel.
BERT-RBP— kan ik het draaien op een GPU met 16 GB?
Ja. De GPU kaart Tesla V100 SXM2 16 GB, houden 16 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 4,351 tokens per second. De fit is comfortabel.
De andere richting
Van de andere kant bekijken?
Deze pagina begint met het model. Als je al een kaart bezit en alles wilt weten wat het zal draaien, begin in plaats van de hardware.