DNABERT TPS-rekenmachine

Open gewichten Northeastern University 110M parameters August 2021

Elke kaart hieronder wordt beoordeeld op basis van dit model met de contextlengte en minimale kwaliteit die je kiest. Snelheid is een schatting voor een enkele aanvraag, berekend op basis van de geheugendoorvoer van de kaart en de grootte van het model eenmaal gecomprimeerd..

Bereken voor dit model

818 kaarten die het kunnen draaien

818 kaarten die we hebben specificaties voor

Kleinste kaart die past

Tesla C1080

4 GB · Q8_0 · 335 tok/s

Snelste kaart

B200

30,802 tok/s · 180 GB

Welke GPU's kunnen draaien DNABERT?

Stel de invoer in, lees het antwoord

Een langere conversatie heeft meer geheugen nodig, wat dit model van kleinere kaarten kan duwen..

Verbergt kaarten die alleen in het model passen door het onder dit punt te comprimeren.

818 kaarten passen

Berekenen
Heeft Kwantificatie Past
30,802 tok/s

18,481–49,283 · lage vertrouwen

B200 NVIDIA 180 GB 8,000 GB/s Jan 2024 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
30,802 tok/s

18,481–49,283 · lage vertrouwen

B300 NVIDIA 288 GB 8,000 GB/s Sep 2025 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
24,596 tok/s

14,758–39,354 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI350X AMD 288 GB 8,190 GB/s Jan 2025 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
24,596 tok/s

14,758–39,354 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI355X AMD 288 GB 8,190 GB/s Jan 2025 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
19,671 tok/s

11,803–31,474 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI300 AMD 128 GB 6,550 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
18,828 tok/s

11,297–30,124 · lage vertrouwen

H200 NVL NVIDIA 141 GB 4,890 GB/s Nov 2024 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
18,828 tok/s

11,297–30,124 · lage vertrouwen

H200 SXM 141 GB NVIDIA 141 GB 4,890 GB/s Nov 2024 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
18,019 tok/s

10,812–28,831 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI325X AMD 256 GB 6,000 GB/s Oct 2024 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
15,992 tok/s

9,595–25,587 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI300A AMD 128 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
15,992 tok/s

9,595–25,587 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI300X AMD 192 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
15,992 tok/s

9,595–25,587 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI308X AMD 192 GB 5,325 GB/s Dec 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
15,170 tok/s

9,102–24,272 · lage vertrouwen

H100 NVL 94 GB NVIDIA 94 GB 3,940 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
12,937 tok/s

7,762–20,699 · lage vertrouwen

H100 PCIe 96 GB NVIDIA 96 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
12,937 tok/s

7,762–20,699 · lage vertrouwen

H100 SXM5 80 GB NVIDIA 80 GB 3,360 GB/s Oct 2022 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
12,937 tok/s

7,762–20,699 · lage vertrouwen

H100 SXM5 94 GB NVIDIA 94 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
12,937 tok/s

7,762–20,699 · lage vertrouwen

H100 SXM5 96 GB NVIDIA 96 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
12,937 tok/s

7,762–20,699 · lage vertrouwen

H800 SXM5 NVIDIA 80 GB 3,360 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
9,851 tok/s

5,910–15,761 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI250 AMD 128 GB 3,280 GB/s Nov 2021 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
9,851 tok/s

5,910–15,761 · lage vertrouwen

Radeon Instinct MI250X AMD 128 GB 3,280 GB/s Nov 2021 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
8,209 tok/s

4,925–13,134 · lage vertrouwen

Data Center GPU Max 1550 Intel 128 GB 3,280 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
8,034 tok/s

4,820–12,854 · lage vertrouwen

Data Center GPU Max Subsystem Intel 128 GB 3,210 GB/s Jan 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
7,855 tok/s

4,713–12,567 · lage vertrouwen

A100 SXM4 80 GB NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Nov 2020 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
7,855 tok/s

4,713–12,567 · lage vertrouwen

A100X NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Jun 2021 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
7,855 tok/s

4,713–12,567 · lage vertrouwen

A800 SXM4 80 GB NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Aug 2022 0.8 GB Q8_0 Comfortabel
7,855 tok/s

4,713–12,567 · lage vertrouwen

H100 CNX NVIDIA 80 GB 2,040 GB/s Mar 2023 0.8 GB Q8_0 Comfortabel

Snelheden zijn schattingen voor een enkele aanvraag — één gesprek tegelijk — berekend vanuit geheugendebandbreedte, modelgrootte en kwantisatie. De werkelijke doorvoer varieert met de inferentietijd en de versie ervan. Cijfers gepubliceerd door hardwareleveranciers meten veel gelijktijdige aanvragen en zijn veel hoger.

Op record

Volledige specificatie

Alles wat geregistreerd is voor dit model. Het merendeel beschrijft hoe het getraind werd in plaats van hoe het draait - nuttige context om te beoordelen hoeveel werk erin is gestoken, en hoe het zich verhoudt tot modellen die op een andere schaal zijn gebouwd..

Oorsprong

Wie heeft dit model gebouwd, waar, en wanneer het gepubliceerd werd.

Organisatie
Northeastern University
Organisatietype
Academia
Land
United States of America
Gepubliceerd
15 August 2021
Auteurs
Yanrong Ji, Zhihan Zhou, Han Liu, Ramana V Davuluri

Wat het doet

De probleemgebieden waarvoor het model is gebouwd. Een model kan meerdere van elk bevatten.

Domein
Biology
Taak
Protein or nucleotide language model (pLM/nLM)
Numerieke indeling
FP16

Grootte

Hoe groot het model is en hoeveel data het is getraind. Parameters zijn het cijfer dat bepaalt of het past op een gegeven grafische kaart.

parameters
110M

"We used the same model architecture as the BERT base, which consists of 12 Transformer layers with 768 hidden units and 12 attention heads in each layer, and the same parameter setting across all the four DNABERT models during pre-training" Known to have 110 million parameters as reported in: https://arxiv.org/pdf/1810.04805v2.pdf "We primarily report results on two model sizes: BERTBASE (L=12, H=768, A=12, Total Parameters=110M) [...]"

Training gegevens
1,444,128,539 tokens

The human genome is around 3 billion base pairs (https://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Annotation). The authors use both non-overlapping sampling and random sampling from a human genome, though the source is unspecified.

Epochs
4.04

Training rekenen

De berekeningen uitgevoerd om het model te trainen, gemeten in drijvende-komma-operaties. Het is een maat voor wat de trainingsrun kostte, niet voor hoe snel het voltooide model je beantwoordt.

Training rekenen
1.1 × 10²⁰ FLOP

"Since the pre-training of DNABERT model is resource-intensive (about 25 days on 8 NVIDIA 2080Ti GPUs)" Assuming FP16 and 30% utilization Calculation = (25 * 24 *3600) s * 2.7e13 FLOP/s per GPU * 8 GPUs * 0.3 utilization = 1.4e20 FLOP Alternatively: "DNABERT takes a sequence with a max length of 512 as input... We pre-trained DNABERT for 120k steps with a batch size of 2000" 6 * 512 * 2000 * 120k * 110M = 8.11e19 Geometric mean: 1.07e20

Hoe het werd opgericht
Hardware,Operation counting

De trainingsrun

Wat het fysiek kostte om te trainen: welke chips, hoeveel, hoe lang, en wat dat van het stopcontact vroeg.

Training hardware
NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti 11GB
Kloktijd
600 hours (25 days)

"Since the pre-training of DNABERT model is resource-intensive (about 25 days on 8 NVIDIA 2080Ti GPUs)"

Beschikbaarheid

Of je het model kunt verkrijgen en het op je eigen hardware kunt draaien, wat bepaalt of een van de grafische kaartcijfers op deze pagina van toepassing is.

Gewichten
Open — downloadable
Toegang tot model
Open weights (unrestricted)
Training code
Open source

Apache 2.0, code and weights: https://github.com/jerryji1993/DNABERT

Hoe het is geclassificeerd

Labels van de brondataset die worden toegepast bij het volgen van opmerkelijke modellen, en hoe zeker het is van de invoer.

Waarom het wordt gevolgd
SOTA improvement

"We show that the single pre-trained transformers model can simultaneously achieve state-of-the-art performance on prediction of promoters, splice sites and transcription factor binding sites, after easy fine-tuning using small task-specific labeled data." [Abstract] - SOTA improvement on very specific task

Record vertrouwen
Confident
Citaties
958

Bronnen

Waar deze record vandaan kwam en wanneer deze voor het laatst is gecontroleerd.

Referentie
DNABERT: pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers model for DNA-language in genome
Laatst bijgewerkt
1 January 2026

De extremen

Wat de cijfers betekenen

Wat nodig is om dit model te draaien

Minimum kaart

Tesla C1080

Geheugen nodig

0.8 GB

Snelste

30,802 tok/s

DNABERT bereikt een parameter telling van 110M. Dat is klein genoeg zodat hardware zelden de obstakel is, inclusief op kaarten van enkele jaren oud. Het aantal kaarten dat we volgen die het kunnen draaien: 818.

De kleinste kaart die het vasthoudt is Tesla C1080, met een geheugen capaciteit van 4 GB, het draaien ervan met een compressie van Q8_0 en produceren rond 335 tokens per seconde

Top van het assortiment is B200, genereren ongeveer 30,802 tokens per seconde op basis van een geheugendoorbandsnelheid van 8,000 GB/s.

Waar het vandaan kwam

DNABERT werd gepubliceerd door Northeastern University, in het land geregistreerd als United States of America, tijdens August 2021. De categorie waaronder de uitgever valt is academia.

Het werkt in het domein van Biology, en wordt geregistreerd als het uitvoeren van de taak van protein or nucleotide language model (pLM/nLM).

De gewichten zijn gepubliceerd, zodat ze gedownload en onbeperkt, offline, op je eigen hardware kunnen worden uitgevoerd, zonder dat er een account aan verbonden is.

Begrijpen van de snelheden

Over elke kaart die het kan draaien, ligt het midden van het bereik op 864.9 tokens per seconde. 818 van hen

Elke gewicht participeert in elke token hier, dus bandbreedte is het hele verhaal: de ranking hieronder is effectief een ranking van geheugendoorvoer.

Zonder de aandachtlay-out op record, is de geheugen kolom een benadering. Het is dicht genoeg om hardware te kiezen, en het minst betrouwbaar bij lange context.

Training en herkomst

De training run verbruikte ongeveer 1.1 × 10²⁰ FLOP, op hardware vastgelegd als NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti 11GB. Die figuur meet wat het produceren van het model heeft gekost en heeft geen invloed op hoe snel het antwoord geeft.

Training verbruikte een corpus van ongeveer 1,444,128,539 tekstokens

Het wordt gevolgd in de onderliggende dataset om één specifieke reden: sOTA improvement.

Stap voor stap

Hoe een GPU te kiezen voor DNABERT

De tabel hierboven heeft elke kaart die we specificaties voor hebben al vergeleken met dit model. Het bereiken van uw antwoord kost zes stappen..

  1. 01

    Controleer wat het nodig heeft voordat iets anders.

    Begin met wat het eigenlijk nodig heeft, namelijk de vereiste van DNABERT, ongeveer nodig 0.8 GB bij een compressie van Q8_0. Die figuur, niet de hoofdtitelprestaties van een kaart, is wat bepaalt of het draait.

  2. 02

    Stel de contextlengte in waarmee je gaat werken

    Langere gesprekken kosten geheugen bovenop wat de gewichten nodig hebben. Verplaats de schuifregelaar naar je echte werklengte voordat je een rij vertrouwt voor DNABERT.

  3. 03

    Stel een kwaliteitsvloer in

    Compressie is wat een model laat passen op kleinere kaarten, tegen een bepaalde kost in nauwkeurigheid., bereiken van een compressie van Q8_0 op de kleinste kaart die past. Het instellen van een minimumkwaliteit laat de kaarten vallen die het alleen maar beheersen door verder te persen dan je zou willen, en houdt de vergelijking op één niveau.

  4. 04

    Sorteer op snelheid

    De snelheid volgorde is effectief een volgorde op basis van GPU VRAM. DNABERT. Het zal niet passen bij een gaming bestelling, omdat generatie gebonden is aan geheugenbandbreedte. De kaart bovenaan de lijst is B200, bij 30,802 tok/s

  5. 05

    Kijk naar de speling, niet alleen naar de pasvorm.

    De fit-kolom scheidt kaarten die het net halen van die met ruimte over, in het geval van DNABERT. Comfortabel betekent dat je de context later kunt vergroten. Dat verschil is belangrijker dan een paar tokens per seconde, dus koop voor comfortabel als je dat verwacht.

  6. 06

    Zie wat die kaart nog meer draait

    Elke kaartpagina herhaalt deze scan voor elk model dat we hebben, en beantwoordt waarvoor de hardware verder goed is naast DNABERT.

Antwoorden

DNABERT — veelgestelde vragen

01

DNABERT— kan ik het draaien als het niet in mijn GPU past?

Alleen door af te laden, wat meestal een valse economie is: het deel dat in systeemgeheugen wordt vastgehouden, houdt het hele ding tegen. Elke figuur hier gaat ervan uit dat het hele model op de kaart staat.

02

DNABERT— Zouden twee GPU's het sneller draaien?

Capaciteit voegt samen over kaarten; doorvoer niet. Het aantal kaarten dat het al op zichzelf vasthoudt: 818. Dus een tweede card is zelden het antwoord hier.

03

DNABERT— waarom verschilt de quantisatie tussen kaarten?

Omdat de capaciteit varieert, varieert ook hoe hard het moet worden samengedrukt. Het aantal onderscheidende niveaus in de bovenstaande tabel: 1. Grotere CARDS krijgen de meer nauwkeurige versie, en de kwaliteitsvloer boven pins beperkt de vergelijking tot één niveau.

04

DNABERT— hoe nauwkeurig zijn deze snelheidsschattingen?

Elke waarde is afgeleid van het geheugenbandbreedte en de modelgrootte, niet geverifieerd, wat de reden is dat elke waarde als een bereik in plaats van een enkel getal wordt gepubliceerd. Eén voorbeeld: 18,481–49,283 tok/s op B200. Hetzelfde model en kaart variëren met dertig tot vijftig procent, afhankelijk van de inferentiesoftware en de versie ervan.

05

DNABERT— Welke GPU heb ik nodig om het te draaien?

De kleinste kaart in onze catalogus die het vasthoudt is Tesla C1080, met een geheugen capaciteit van 4 GB. Het draait het model op een compressie van Q8_0 ongeveer 0.8 GB, en produceert ongeveer 335 tokens per second. Het aantal kaarten dat het totaal kan draaien: 818.

06

DNABERT— hoe snel is het op een GPU?

Het hangt af van de kaart. De snelste die we berekenen is B200, ongeveer 30,802 tokens per seconde; de langzaamste die het nog steeds draait haalt aanzienlijk minder. De leessnelheid is rond de tien tokens per seconde, en het aantal kaarten dat dat haalt: 818.

07

DNABERT— hoeveel VRAM heeft het nodig?

Het heeft ongeveer 0.8 GB bij een compressie van Q8_0, welke is wat de kleinste card die het draait gebruikt. Minder compressie heeft meer nodig: de cijfers in de memory-kolom hierboven worden opnieuw berekend voor elke card, omdat elke card de minst gecomprimeerde versie kan vasthouden.

08

DNABERT— kan ik het draaien op een GPU met 8 GB?

Ja. De GPU kaart CMP 170HX 8 GB, houden 8 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 5,737 tokens per second. De fit is comfortabel.

09

DNABERT— kan ik het draaien op een GPU met 12 GB?

Ja. De GPU kaart GeForce RTX 3080 Ti, houden 12 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 3,513 tokens per second. De fit is comfortabel.

10

DNABERT— kan ik het draaien op een GPU met 16 GB?

Ja. De GPU kaart Tesla V100 SXM2 16 GB, houden 16 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 4,351 tokens per second. De fit is comfortabel.

11

DNABERT— kan ik het draaien op een GPU met 24 GB?

Ja. De GPU kaart GeForce RTX 5090 D V2, houden 24 GB, draait het met een compressie van Q8_0, ongeveer 0.8 GB en genereren ongeveer 5,159 tokens per second. De fit is comfortabel.

12

DNABERT— is het open-source?

De gewichten zijn gepubliceerd, zodat ze kunnen worden gedownload en op je eigen hardware kunnen worden uitgevoerd. Houd er rekening mee dat OPEN WEIGHTS niet hetzelfde is als open source in de volle zin — het zegt niets over de trainingsdata, de trainingscode of de commerciële voorwaarden die eraan zijn verbonden.

13

DNABERT— hoeveel parameters heeft het?

Het heeft een parameter telling van 110M. "We used the same model architecture as the BERT base, which consists of 12 Transformer layers with 768 hidden units and 12 attention heads in each layer, and the same parameter setting across all the four DNABERT models during pre-training" Known to have 110 million parameters as reported in: https://arxiv.org/pdf/1810.04805v2.pdf "We primarily report results on two model sizes: BERTBASE (L=12, H=768, A=12, Total Parameters=110M) [...]". Dat cijfer is het totaal, en het bepaalt hoeveel MEMORY het MODEL nodig heeft - ongeveer een halve gigabyte per miljard bij de compressie die de meeste mensen gebruiken.

14

DNABERT— wie heeft het gemaakt?

Het werd gepubliceerd door Northeastern University, gebaseerd op United States of America, een organisatie geclassificeerd als academia.

15

DNABERT— wanneer is het uitgebracht?

Het werd gepubliceerd in August 2021. De capaciteit per parameter is aanzienlijk verbeterd sinds, zodat een nieuwere model van dezelfde grootte vaak een betere benutting van dezelfde hardware is.

16

DNABERT— waarvoor wordt het gebruikt?

Het werkt in het domein van Biology, en wordt geregistreerd als het afhandelen van protein or nucleotide language model (pLM/nLM). Dit zijn de gebieden waar het omheen is ontworpen; ze beschrijven intentie eerder dan een harde grens.

17

DNABERT— waar kan ik het downloaden?

De gewichten zijn gepubliceerd, hoewel we geen repositorylink daarvoor hebben. Deze site berekent hardwarevereisten in plaats van modelbestanden te hosten.

18

DNABERT— hoeveel rekencapaciteit is gebruikt om het te trainen?

Training verbruikte ongeveer 1.1 × 10²⁰ FLOP, op hardware vastgelegd als NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti 11GB. Dat meet wat het kosten om het model te produceren en zegt niets over hoe snel het antwoord geeft zodra het getraind is — inferentie snelheid komt van geheugenbandbreedte, niet van het trainingsbudget.

Bron

Originele publicatie

Laatste update geregistreerd 1 January 2026

De andere richting

Van de andere kant bekijken?

Deze pagina begint met het model. Als je al een kaart bezit en alles wilt weten wat het zal draaien, begin in plaats van de hardware.